1、生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2、生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3、生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4、生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5、生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
二、生物有机肥与农家肥(传统有机肥)的区别：
1、生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
2、生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3、生物有机肥均匀，施用方便；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
三、生物有机肥与生物菌肥的区别
1、生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。
2、生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3、生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有些土壤环境。
